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HALO 是Indica Labs的旗艦平臺,可以適應任何組織病理圖像的分析應用,并提供逐個細胞和所選區(qū)域的分析結(jié)果,是HE染色、免疫組化、免疫熒光染色、DNA/RAN分子原位雜交以及FISH等切片病理圖像分析的理想選擇。
HALO能夠適應您任何的組織病理圖像的分析需求。在免疫腫瘤學、腫瘤學、移植科學、神經(jīng)科學、眼科、代謝和呼吸等領域有廣泛的應用。
弗瑞思提供HALO軟件可實現(xiàn)的病理圖像分析服務,本文旨在介紹HALO在免疫病理技術中的應用。
1、組織分型
HALO軟件利用機器基于隨機森林算法,根據(jù)病理組織圖像的顏色、紋理、光密度以及其和周圍環(huán)境特征來識別不同組織類型。通過快讀的訓練,可迅速的對整張切片或批量切片進行不同組織的分型。
2、多色熒光免疫組化分析
HALO可同時分析任何細胞單位(細胞核、細胞質(zhì)和/膜)中無限數(shù)量的熒光標記,并且可以根據(jù)標記陽性來定義特定的細胞表型,因此非常適合應用于免疫腫瘤學,因為在免疫腫瘤學中需要多個標記來描述組織內(nèi)不同的免疫和腫瘤細胞群。
案例中,熒光圖像顯示了5種顏色——膜結(jié)合腫瘤標記物為紅色,細胞質(zhì)標記物為青色,兩個不同的核標記物為綠色和玫紅色,以及藍色的DAPI復染。在標記圖像中,細胞核、細胞質(zhì)和細胞膜會根據(jù)每個標記的細胞陽性率進行著色。所有標記為陰性的細胞為黑色,多個標記為陽性的細胞為白色,單個標記為陽性的細胞則按該標記的顏色著色。當與空間分析一起使用時,還可以實現(xiàn)對這些細胞群的空間關系的進一步探索。
3、空間位置關系分析
空間分析適用于免疫腫瘤學領域的研究,可用于識別目標、細胞和/或某些特征在單個組織或連續(xù)切片上的鄰近性和相對空間分布。
腫瘤浸潤分析:對組織目標物的空間分布、鄰近關系等行統(tǒng)計和定量。標記腫瘤邊界,對邊界內(nèi)外指定范圍內(nèi)的免疫細胞分布進行定量統(tǒng)計。細胞與組織區(qū)域之間可以通過比較組織邊界不同距離內(nèi)細胞的數(shù)量和密度變化來體現(xiàn)
鄰近分析:對組織目標物的空間分布、鄰近關系等行統(tǒng)計和定量。統(tǒng)計一類細胞指定距離內(nèi),其他類型細胞數(shù)量通過比較不同樣本之間的鄰近度或者近距離,可以得知不同樣本之間兩種細胞的密集分布關系。
組織芯片分析:將芯片切割后對每個點進行單獨分析,可與其他所有模塊聯(lián)用分析相應內(nèi)容。芯片自由分割,拆分所有樣本點。所有數(shù)據(jù)都可生成熱圖。對每個點單獨分析。